Né en 1968, marié et père de trois enfants, M. Filippini est entré dans le service public à 19 ans, comme élève à l’école normale supérieure. Il a fait des études de philosophie et de sciences politiques avant d’entrer à l’école nationale d’administration.

Nommé auditeur à la Cour des comptes en 1996, il en a été le secrétaire général adjoint de 1999 à 2001.

Entre 2001 et 2007, il a servi au sein des Ministères de l’intérieur et de la justice, comme secrétaire général de la préfecture de Tarn-et-Garonne et sous-préfet de l’arrondissement de Montauban, puis comme sous-directeur à la préfecture de police de Paris, et enfin comme sous-directeur à la direction de l’administration pénitentiaire.

Après deux années comme avocat général au Parquet général de la Cour des comptes, il est revenu au Ministère de l’intérieur en 2009, comme directeur des systèmes d’information et de communication (DSIC).

De 2011 à 2013, il a servi dans les services du Premier ministre, comme directeur, adjoint au secrétaire général du Gouvernement, chargé de piloter la réforme déconcentrée, de créer la direction interministérielle des systèmes d’information et de communication (DISIC) et de mettre en place un programme de formation des cadres dirigeants de l’Etat. En octobre 2012, il a été chargé de créer le secrétariat général pour la modernisation de l’Etat (SGMAP), nouvelle structure pilote de la réforme de l’Etat. Il a dirigé le SGMAP jusqu’en septembre 2013.

Entre l’automne 2013 et l’été 2017, il a été le secrétaire général de la Cour des comptes, auprès du Premier président Didier Migaud.

Depuis le 4 septembre 2017, il était préfet du Lot, en région Occitanie.

Jérôme Filippini est chevalier de la Légion d’honneur et de l’Ordre national du mérite.